Die Borkumer Kleinbahn ist in Ihrer Zulassung nicht auf den Inselbetrieb beschränkt, sondern gilt in Deutschland als eingetragenes Eisenbahnunternehmen. In der inseleigenen Werkstatt werden sämtliche Reparatur-, Restaurations- und Wartungsarbeiten (inklusive TÜV) selbst durchgeführt, sowohl für den Schienenverkehr als auch für den Omnibusbetrieb. Dies betrifft auch die Lackierungsarbeiten am gesamten Fuhrpark.

Die Werkstatt verfügt über eine eigene Tischlerei, die alle anfallenden Arbeiten in punkto Holz, sowohl am Hafen, als auch an den historischen Wagen übernimmt.

Im Winter werden die Mitarbeiter der Werkstatt u.a. auch mit Wartungsarbeiten auf den Schiffen der AG „EMS“ beauftragt und darüber hinaus halten sie ganzjährig die Hafenanlagen instand.