Bau des "Neuen Hafens" durch Aufspülungen und Bau einer Betonstraße parallel zu den Gleisen ausschließlich für militärische Zwecke. Starke Inanspruchnahme der Bahnanlagen wegen des Festungsbaus. Zahlen, wie 45 Kilometer Gleislänge, 6 Dampflokomotiven und über 70 Wagen Besitz der Kleinbahn verdeutlichen die damalige Bedeutung der Inselbahn.

Rückschläge während des Krieges. Verlust an Material und Menschenleben durch Bombenangriffe.

Durch die Freigabe der Betonstraße für zivile Zwecke entsteht starker Konkurrenzdruck durch den Straßenverkehr, dadurch wirtschaftlicher Niedergang des Bahnbetriebes in den Folgejahren.

Der T2  kommt zur Borkumer Kleinbahn

Völlige Zerstörung eines großen Teiles der Gleisanlagen durch eine Sturmflut. Auf Anforderung der Gemeinde führt die Borkumer Kleinbahn seit diesem Jahr auch einen städtischen Ortslinienverkehr mit Omnibussen durch. Verlegung der Güterabfertigung vom Ort zum Hafen und Neubau eines Güterschuppens.

Umwandlung des Borkumer Unternehmens in eine GmbH. Beginn des Klein- und Großbehälterumschlages. Der von der Kleinbahn gebaute und unterhaltene Schutzwall auf der Wattstrecke wird von der WSV übernommen und zum Deich ausgebaut.

Einrichtung eines Autofährlinienverkehrs zwischen Emden und Borkum und Verlagerung des Gütertransportes auf die Straße.

Verkauf des T2 an den Deutsche Eisenbahn-Verein in Bruchhausen-Vilsen

Ein Investitionsplan in Höhe von rd. 16 Millionen DM, verteilt auf 10 Jahre, zum Erhalt eines rationellen Schienenbetriebes wird beschlossen.

Einweihung eines neuen Betriebshofes mit moderner Werkstatt und einer Abstellhalle mit ca. 180 m Gleislänge.

Beginn der Neugestaltung des gesamten Bahnhofsbereichs. Neubau der Nordseite des alten Hafens. Befördert werden 528.388 Personen im Schienen- und 322.808 im Straßenverkehr.
 

Am 15 Juni 1988 jährte sich die Inbetriebnahme der Borkumer Kleinbahn zum 100. Mal. Das Jubiläum wurde erst ein Jahr später begangen, denn 1989 konnte auch die Muttergesellschaft AG "EMS" ihren 100. Geburtstag feiern. Der Triebfahrzeugpark wurde im Jubiläumsjahr 1988 durch die neuwertige Diesellok EMDEN verjüngt; im Kleinbahnhafen wurden die Spundwände am nördlichen Kai erneuert.

Einweihung eines neuen Bahnhofsgebäudes, in dem Verwaltung, Betriebsleitung, Fahrkartenausgabe und Gepäckabfertigung untergebracht sind.

Umbau des alten Bahnhofsgebäudes zum ortszentralen Geschäftszentrum mit überdachten Glaspassagen.

Bau von 18 neuen Reisezugwagen bei Waggonbau Bautzen GmbH. Die Fahrzeuge haben eine durchgehende Druckluftbremse und Scharfenberg-Kupplung. Alle Wagen tragen Namen Borkumer Flurbezeichnungen und lehnen sich an das historische Borkumer Vorbild an. Firma Christoph Schöttler erhält den Auftrag zur Lieferung von 3 neuen Diesellokomotiven, die die Namen "Hannover", "Münster" und "Berlin" erhalten. Erneuerung und teilweise Wiederherstellung der zweigleisigen Hauptstrecke. Ausbau des Haltepunktes Jakob-van-Dyken-Weg, der Bahnsteiganlagen am Hafen und Verlängerung sowie Neugestaltung der alten Waggonhalle auf 4 Gleise mit je 84 m Länge. Unterschutzstellung der Inselbahn Borkum als Kulturdenkmal gem. § 3 NDschG.

Es wurde mit Unterstützung des Landes Niedersachsen nach dem GVFG ein Investitionsvolumen von 16 Mio DM realisiert. Schaffung eines stufenfreien Seiteneinstieges Bahn/ Schiff im Kleinbahnhafen. Spunderneuerung an der Hafennordseite.

Am 25. März Einweihung des neuen Schienenfahrzeugparkes und der Oberbaumaßnahmen durch den niedersächsischen Verkehrsminister Dr. Peter Fischer und Frau Bürgermeister Gisela Schütze.

Wiederinstandsetzung der Dampflokomotive "Borkum" und des Wagens Nr. 38 ("Kaiserwagen").

Ein Fahrgastleit- und Informationssystem steht vor der Abnahme. 25. März Wiederinbetriebnahme des Dampfzugbetriebes mit offizieller Genehmigung der Landeseisenbahnaufsicht und des Niedersächsischen Ministers für Wirtschaft, Technologie und Verkehr. Am 04. Dezember wird der Borkumer Kleinbahn für die vorbildliche Restaurierung der Dampflok "Borkum" und des "Kaiserwagens" der Denkmalpflegepreis der Niedersächsischen Sparkassenstiftung verliehen.

Am 4. März erfolgt die Wiederinbetriebnahme des Wismarer Schienenbusses. Zwei Monate später werden die Personenwagen Nr. 2 und Nr. 17 von "Jugend in Arbeit Hamburg e.V." rücküberführt und nach der Hauptuntersuchung am 06. Juli für Sonderfahrten wieder in Dienst gestellt.

Ende November wurde die Restaurierung der beiden historischen Güterwagen Nr. 33 und Nr. 55 bei Ökologische Technik e.V. in Hamburg abgeschlossen. Die Waggons erweitern den historischen Fuhrpark der nostalgischen Inselbahn und sind an Dampftagen im Regelzugbetrieb unterwegs.

Inbetriebnahme des Oldiebus Typ Mercedes O 3500 2003 sowie Grunderneuerung des Flachwagen Nr. 60

Die Schrankenanlage am Übergang "Neuer Hafen" wird fertig gestellt

Am 23. Mai 2006 wurde mit der Inbetriebnahme der technischen Sicherung folgender Bahnübergänge abgeschlossen: Bismarkstraße, Von-Frese-Straße, Ankerstraße, Süderstraße, Jakob-van-Dyken-Weg, Krummer Blockweg und Weertsgatt. 
Eine neue Haltestelle in Richtung Bahnhof wurde am Jakob-van-Dyken-Weg erstellt.
Die Haltestelle Richtung Hafen wurde umgebaut. und der Hafen wurde teilweise überdacht.
Das alte WC wurde durch ein neues behindertengerechtes WC ersetzt.
Der Gepäckwagen 48 ist generalüberholt von der Ökologische Technik e.V. in Hamburg zurück 

Die Lok Berlin ist nach dem Umbau durch Firma Schöma zurück. Der Wagen Nr.9 (Packwagen) wird zum Flachwagen umgebaut. Die Lok Aurich wird am 16.04.2007 angeliefert und in Dienst gestellt. Am 26.07. findet die offzielle Einweihung des Wendezugbetriebes durch Herrn Rösler, MDL und Herrn Goldmann, MDB statt. Das Gleis 2 wird neu gebaut.

 Inbetriebnahme Bistro- und Speisewagen sowie die Verlängerung der Abstellhalle

Erhöhung einer Hafen-Teilfläche und Autorampe

Das 125-jährige Bestehen Borkumer Kleinbahn wird am 15. Juni gefeiert.

Das alte Gleis 1 der Kleinbahn wird umfangreich renoviert und modernisiert. Außerdem wird das Stückfracht-Handling auf Borkum optimiert.

Nach anderthalbjähriger Bauzeit wird der historische Wagen No. 18 der Borkumer Kleinbahn wieder in Dienst genommen. Die neue Wegebahn "Moritz" tritt ihren Dienst bei der Borkumer Kleinbahn an und ergänzt das Ausflugsprogramm von Bus und Eisenbahn.

Am 21. März 2017 trifft der erste E-Bus der Borkumer Kleinbahn auf der Insel ein. Gefertigt wurde er bei einer chinesischen Spezialfirma unter der Leitung des niederländischen Unternehmens EBUSCO. Auf der Insel hat dies eine enorme Bedeutung, denn Borkum ist eine Urlaubsinsel, auf saubere Luft angewiesen und hat eine Verpflichtung für das Welterbe Wattenmeer. Bei einer Jahres-Laufleistung von 80.000 km kann die Borkumer Kleinbahn eine stattliche Umweltbilanz erwarten: rund 70.000 kg weniger CO2, 600 kg weniger Stickoxide und 10 kg weniger Feinstaub sowie eine Entlastung im Bereich von Motorengeräuschen.

Der "Molli", historische Dampflok der Mecklenburgischen Bäderbahn, kommt vom 14. bis zum 22.09.2019 auf die Insel Borkum. Eine gemeinsame logistische Meisterleitung mit gut 2,5 Jahren Vorbereitungszeit beider Unternehmen. Auf Borkum wird die Lok mit Kohlebefeuerung zu regulären Linien- und auch Ausflugsfahrten eingesetzt und erfreut sich bei den Gästen großer Beliebtheit.
Ein zweiter E-Bus ergänzt den Bus-Fuhrpark der Borkumer Kleinbahn. Das Fahrzeug wurde erneut bei der Firma EBUSCO in den Niederlanden bestellt und soll Gelegenheitsverkehre wie Rundfahrten oder Transferfahrten durchführen und auch den Linienverkehr verstärken

Die Borkumer Kleinbahn und Dampfschiffahrtsgesellschaft mbH hat in Eigenregie einen neuen Waggon für den Betrieb auf der Insel Borkum entwickelt und hergestellt. Bei dem neuen Wagen handelt es sich um einen Nachbau der Reisezugwagen Bauart „Bautzen“, welche im Zuge einer Modernisierung 1993 und 1994 geliefert wurden.

Nach 33 Jahren im Dienst der Borkumer Kleinbahn, verlässt der „gute alte“ Reisebus vom Typ Mercedes O 303 mit dem Kennzeichen LER-ZD-46 mit ungewissem Ziel die Insel.

Die Dampflok "Borkum" feiert ihr 25-jähriges Jubiläum der Wiederinbetriebnahme.

Am Samstag, den 6. Juli 2024 werden auf Borkum die niveaugleichen Bahnsteige offiziell eingeweiht. Die Baumaßnahmen umfassten eine Erhöhung der Schienenoberkante von vorher 15 cm auf heute 72 cm Höhe. Dadurch konnte der Einstieg in die Waggons für Menschen und Tiere deutlich erleichtert werden. Heute profitieren nicht nur Personen mit Mobilitätseinschränkungen, sondern alle Fahrgäste und besonders die mit Kinderwagen, Rollkoffer oder Rollator, denn der Einstieg in die Züge der Borkumer Kleinbahn erfolgt nun komfortabel und barrierefrei.